Muzeum posiada oddziały:

1/ Oddział w Nieszawie pod nazwą ,, Muzeum Stanisława Noakowskiego "

2/ Oddział w Kłóbce pod nazwą ,, Kujawsko-Dobrzyński Park Etnograficzny "

3/ Gmach Główny Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej ul. Słowackiego 1a

4/ Muzeum Historii Włocławka ul. Szpichlerna 19

5/ Muzeum Etnograficzne ul. Bulwary 6

6/ Muzeum - Zbiory Sztuki ul. Zamcza 10/12

7/ Magazyny muzealne - zabytkowy spichrz XIX w. ul. Bulwary 9