Oddziały Muzeum:

<li> Muzeum Stanisława Noakowskiego w Nieszawie

      ul. Mickiewicza 6, 87-730 Nieszawa

<li> Kujawsko-Dobrzyński Park Etnograficzny w Kłóbce

      87-831 Kłóbka, gm. Lubień Kujawski

Siedziby Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej na terenie Włocławka:

<li> Gmach główny, ul. Słowackiego 1a

<li> Muzeum Historii Włocławka, ul. Szpichlerna 19

<li> Muzeum Etnograficzne, ul. Bulwary im. Marszałka J. Piłsudskiego 6

<li> Zbiory Sztuki, ul. Zamcza 10/12

<li> Magazyny muzealne, ul. Bulwary im. Marszałka J. Piłsudskiego 9