Oddziały Muzeum:

 Muzeum Stanisława Noakowskiego w Nieszawie

 ul. Mickiewicza 6, 87-730 Nieszawa

 Kujawsko-Dobrzyński Park Etnograficzny w Kłóbce

 87-831 Kłóbka, gm. Lubień Kujawski

 Siedziby Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej na terenie Włocławka

 Gmach główny, ul. Słowackiego 1a

 Muzeum Historii Włocławka, ul. Szpichlerna 19

 Muzeum Etnograficzne, ul. Bulwary im. Marszałka J. Piłsudskiego 6

 Zbiory Sztuki, ul. Zamcza 10/12

 Magazyny muzealne, ul. Bulwary im. Marszałka J. Piłsudskiego 9